Pendant plusieurs décennies la malnutrition a été largement surestimée comme cause principale des diarrhées, cependant il a été prouvé que la cause viendrait probablement des déséquilibres de la flore intestinale, entraînant également des effets sur la croissance à long terme. 

L’inflammation chronique induite par une stimulation microbiologique permanente due à une alimentation fortement contaminée par des bactéries non pathogènes semble induire une atrophie villositaire induisant anorexie et malnutrition. Cette analyse du microbiote intestinal était réalisée avec le Maldi-TOF, actuellement, elle peut être réalisée grâce aux méthodes de séquençage haut débit.