Collaborations

• Institut Pasteur Dakar

• Dr Ronald Perraut, Dr Marie-Louise Varela, Babacar Diouf - Unité d’Immunologie

• Muriel Vray , Fatoumata Diène Sarr - Unité Epidémiologie :

• Raymond BERCION - Laboratoire d’Analyse de Biologie Médicale

• Cheikh Loucoubar- G4 Biostatistique

Dans les déterminants de la santé en général, la prédisposition aux infections, la sévérité des maladies et la réponse aux médicaments et aux vaccins sont très variables d’un individu à l’autre. En raison de la complexité des réponses immunitaires, il n’a jusqu’à présent pas été possible de définir les facteurs (notamment génétiques et environnementaux) caractérisant un système immunitaire « sain » et déterminant sa variabilité naturelle « normale ». Les efforts visant à réintroduire la dimension « individuelle » vers une médecine personnalisée, et une compréhension approfondie des déterminants de l’hétérogénéité de la réponse d’un individu aux stimuli font l’enjeu du projet Healthy Human Global Project (HHGP). Ce projet déjà en cours en France avec l’étude Milieu Intérieur doit être étendu aux populations non caucasiennes, notamment africaines dont le Sénégal fait partie (HHGP-Sénégal) à travers une première étude pilote sur les sites de Dielmo et NDiop – villages situés dans le district de Sokone de la région de Fatick à environ 250 kms au sud-est de Dakar et suivis longitudinalement depuis les années 1990.

Les pratiques médicales et les politiques de santé publique reposent en général sur un modèle unique de prise en charge des maladies et de développement des médicaments. Cependant il existe une grande variation individuelle quant aux réponses aux infections, aux vaccins, aux traitements et d’une manière générale face à la maladie.

L’hétérogénéité individuelle dans la réponse immunitaire peut avoir une influence majeure sur la probabilité de réponse à un traitement ou sur la survenue d’effets secondaires suite à l’administration de vaccins. En raison de la complexité des réponses immunitaires au niveau individuel et au sein de la population, il n’a jusqu’à présent pas été possible de définir les facteurs (notamment génétiques et environnementaux) qui caractérisent un système immunitaire « sain » et déterminent sa variabilité naturelle. Les efforts visant à réintroduire une dimension « individuelle » dans les décisions médicales sont au centre du projet Healthy Human Global Project (HHGP). Cette approche est nécessaire afin de fournir des éléments d’orientation vers une médecine personnalisée, notamment une compréhension approfondie des déterminants responsables de l’hétérogénéité de la réponse d’un individu aux stimuli.

HHGP est un projet international porté par l’Institut Pasteur et le réseau International des Instituts Pasteur. Il a pour ambition de mettre en place des cohortes de sujets « sains » dans plusieurs pays et d’analyser ce type de données pour étudier l’impact du fond génétique, de l’environnement, et des infections latentes sur le système immunitaire. Ce projet est déjà en cours en France avec l’étude Milieu Intérieur (http://www.milieuinterieur.fr/en) qui a d’ores et déjà recruté 1000 donneurs sains stratifié par sexe et âge.

Afin d’augmenter la compréhension de l’impact du fond génétique, de l’environnement, et des infections latentes sur le système immunitaire, ce type d’étude doit être mené au sein d’autres populations que celle précédemment étudiée. Ce projet s’inscrit dans suite logique de la stratégie globale de HHGP qui permettra de collecter et d’analyser des données de sujets « sains » de plusieurs sites dans le monde.

La présente étude propose de constituer une collection standardisée d’échantillons et d’étudier les corrélations entre phénotypes immunitaires, génétiques, et microbiote au Sénégal.

Une première étude pilote se déroulera au Sénégal (HHGP-Sénégal 2016-2018) visant à en valider la faisabilité et à assurer la mise en place technique et logistique pour une étude à plus large échelle.

Sur le plan opérationnel, le choix s’est porté sur les sites de Dielmo et NDiop – villages situés dans le district de Sokone de la région de Fatick à environ 250 kms au sud-est de Dakar et à quelques kilomètres de la frontière avec la Gambie. En effet, la plateforme de recherche a établie dans ces deux villages depuis les années 1990 a permis le suivi longitudinal de la population dans le cadre d’un projet axé sur le paludisme. Les données de suivi concernent non seulement le paludisme mais également l’historique individuel des diverses pathologies. Cet historique personnel précis permettra d’identifier une mini-cohorte de donneurs volontaires « sains » entre 20 et 50 ans.

Un large panel d’analyses est prévu notamment un bilan clinico-biologique étendu. Les objectifs sont :

• Caractériser et quantifier les populations cellulaires immunitaires principales (cellules T, B, NK, monocytes, PMN et CD).

• Déterminer et mesurer les cytokines/chemokines induites par 3 stimulants mimant les réponses immunitaires virales, bactériennes, et lymphocytaires T.

• Caractériser le microbiote dans la population de l’étude (portage bactérien, parasitaire et fongique digestif et nasopharyngé).

• Mesurer la séroprévalence d’infections persistantes communes (virales – dont EBV, CMV; bactériennes – dont H.Pylori ; parasitaires – dont la toxoplamose).

• Comparer la population des deux villages au niveau de l’expression épigénétique.

• Générer les données nécessaires afin de pouvoir déterminer le nombre de donneurs requis pour une étude à grande échelle, dont l’objectif sera d’analyser et comprendre l’impact des facteurs génétiques et environnementaux sur la variabilité de la réponse immunitaire.

• Evaluer le microbiote fécal et nasal, de par le séquençage génomique de populations bactériennes, fongiques, et virales dans ces échantillons.

• Etudier les relations entre la réponse immunitaire et les données nutritionnelles.

• Constituer une biobanque d’échantillons sanguins, nasaux et de selles et de données associées.

• Transférer les technologies et compétences nécessaires à une étude à grande échelle.

Ce projet complexe, a été approuvé par le Comité Ethique National d’Ethique pour la Recherche en Santé (CNERS) fin 2016. La formation et la mise en place de la technologie de cytométrie en flux, débutée en 2016 ont été complétées courant 2017. Le recrutement a démarré en novembre 2017.