Collaboration :

• Dr Aissatou Toure, Babacar Diouf (Unité Immunologie)
• Dr Fatoumata D Sarr (Unité Epidémiologie)
• Drs Amadou A Sall, Abdourahmane Sow (Unité Arbovirologie)
• Dr Cheikh Loucoubar (G4 Biostatiques)

Contexte: Des changements spectaculaires de l'intensité de la transmission peuvent avoir un impact sur la diversité des populations de Plasmodium. En effet, la réduction de la transmission est souvent associée à un changement de la structuration des populations parasitaires résultant de sélection clonale en relation avec les interventions (traitements préventifs et thérapeutiques, prévention des contacts homme-vecteurs etc…). Au Sénégal, du fait du succès différentiel des interventions à l’échelle du pays, il en résulte une structuration différente des populations parasitaires selon le contexte épidémiologique et par conséquent la nécessité d’approches génétiques et génomiques différentes pour caractériser les parasites circulants. Ces approches constituent des alternatives aux estimations traditionnelles très difficiles et coûteuses basées sur la détermination des taux d’inoculation entomologiques, mais aussi des outils d’évaluation des efforts de lutte contre le paludisme.

Tandis que le génotypage des marqueurs de polymorphisme msp1 et msp2 permet une caractérisation des parasites en zones de forte transmission comme à Kédougou, des approches plus fines utilisant la technologie du "Séquençage de Nouvelle Génération (NGS)" ou le "Barcodage Moléculaire (Molecular Barcoding)" sont nécessaires pour une caractérisation génétique des parasites résiduels.

Objectifs: Il s’agit grâce aux banques de ressources biologiques constituées dans le cadre du programme de recherche Dielmo/Ndiop et de projets de recherche à Kédougou, d’analyser la dynamique d’évolution des souches plasmodiales en relation avec les différentes interventions de lutte et l’epidemiologie changeante du paludisme. Plus spécifiquement, ce travail vise à :

• déterminer les caractéristiques génétiques des parasites circulants à Kédougou dans le cas d’infections simples à Plasmodium falciparum ou d’infections concourrents avec les arbovirus
• déterminer les caractéristiques génétiques des souches ayant résisté aux différentes interventions de lutte
• déterminer la prévalence de signatures (clusters) spécifiques résultants d’intervention particulière
• identifier les porteurs de ces parasites et les facteurs humains qui prédisposent à ce portage

Barcodes des échantillons avec les détails (code patient, date de collecte, sexe, âge, parasitemie, origine). Les SNP sont affichés pour chacun des 24 marqueurs. La COI est également présentée, les clusters répertoriés sont colorés à l'extrême droite.