Cette étude a été menée en collaboration avec:

• Dr Aissatou Toure, Babacar Diouf (Unité Immunologie)
• Dr Fatoumata D Sarr (Unité Epidémiologie)
• Drs Amadou A Sall, Abdourahmane Sow (Unité Arbovirologie)
• Dr Cheikh Loucoubar (G4 Biostatiques)

Des changements spectaculaires de l'intensité de la transmission peuvent avoir un impact sur la diversité des populations de Plasmodium. En effet, la réduction des taux de transmission est souvent associée à une modification de la structuration des populations parasitaires résultant de sélections clonales effectuées lors des interventions médicales (traitements préventifs et thérapeutiques, prévention des contacts homme-vecteurs etc…). 

Au Sénégal, la géographie des foyers parasitaires n’est pas homogène à travers le pays. En effet, les résultats disparates des interventions médicales dans différentes régions du pays ont menées à une structuration différente des populations parasitaires selon le contexte épidémiologique de chaque zone et a ainsi réaffirmé la nécessité d’adopter des approches génétiques et génomiques adaptés à chaque contextes pour caractériser les parasites circulants. 

Ces approches sont des alternatives aux estimations traditionnelles souvent fastidieuses et coûteuses basées sur la détermination des taux d’inoculation entomologique, mais aussi des outils d’évaluation des efforts de lutte contre le paludisme.

Tandis que le génotypage des marqueurs de polymorphisme msp1 et msp2 permet une caractérisation des parasites en zones de forte transmission comme à Kédougou, des approches plus fines utilisant la technologie du "Séquençage de Nouvelle Génération (NGS)" ou le "Barcodage Moléculaire (Molecular Barcoding)" sont nécessaires pour une caractérisation génétique des parasites résiduels.

L’objectif est d’analyser la dynamique d’évolution des souches plasmodiales en relation avec les différentes interventions de lutte et face aux variations d'épidémiologie du paludisme. Cette approche est menée grâce aux banques de ressources biologiques constituées dans le cadre du programme de recherche Dielmo/ Ndiop ainsi qu’aux projets de recherche menés à Kédougou. 

Les objectifs spécifiques de cette recherche sont de:

• déterminer les caractéristiques génétiques des parasites circulants à Kédougou dans le cas d’infections simples à Plasmodium falciparum ou d’infections concurrents avec les arbovirus
• déterminer les caractéristiques génétiques des souches ayant résisté aux différentes interventions de lutte
• déterminer la prévalence de signatures (clusters) spécifiques résultants d’intervention particulière
• identifier les porteurs de ces parasites et les facteurs humains qui prédisposent à ce portage

Barcodes des échantillons avec les détails (code patient, date de collecte, sexe, âge, parasitemie, origine). Les SNP sont affichés pour chacun des 24 marqueurs. La COI est également présentée, les clusters répertoriés sont colorés à l'extrême droite.